La Universidad Nacional de San Martín - Tarapoto (UNSM-T) fue creado por D.L. Nº 22803 el 18/12/79 en la ciudad de Tarapoto, como consecuencia de la lucha del pueblo Sanmartinense por obtener una institución educativa con nivel universitario, ratificándose con Ley Nº 23262 el 18/07/81. En diciembre del mismo año se instala la Primera Comisión de Gobierno, presidida por el Ing. Raúl Ríos Reátegui.

El 17 de Mayo de 1982 la UNSM-T, inicia formalmente sus actividades académicas con las Carreras Profesionales de:

• Agronomía, Ingeniería
• Agroindustrial
• Ingeniería Civil
• Obstetricia.

La UNSM-T es un centro superior de estudios, autónoma y de carácter estatal, nuestro compromiso es formar profesionales académicos competentes con responsabilidad social, participando plenamente en la transformación de la sociedad para su desarrollo integral, mediante la generación de innovación de conocimientos, cultura y valores, en un proceso permanente de actualización y acreditación.

Luego de varios años de trabajo la Primera Comisión de Gobierno entrega el cargo a la Comisión Organizadora presidida por el Ing. Augusto Montes Gutiérrez, nombrada por la ANR, el cual a su vez da paso a la última Comisión Organizadora presidida por el Dr. Roberto Calderón Gonzáles, la misma que culmina el periodo de implementación académica administrativa y da las condiciones para la adecuación a la Ley Universitaria. De esa manera, luego de las elecciones de la Asamblea Universitaria y la promulgación del Estatuto, se dio la elección para la conformación de la Asamblea Universitaria, este organismo en 1993 eligió como primer Rector de la UNSM-T al Dr. Jorge González Ramírez .

En 1995 se crean las Facultades de:

• Educación y Humanidades con sede en la ciudad de Rioja
• Ecología en Moyobamba
• Ingeniería de Sistemas e Informática
• Ciencias Económicas (Ex Ciencias Administrativas, Financieras y Contables) en Tarapoto
• Carrera Profesional de Turismo en Lamas

Logrando de esta manera la descentralización de las carreras profesionales e incrementando las posibilidades de profesionalización a los jóvenes en las ciudades mencionadas.

Ante la renuncia del Dr. Jorge González Ramírez, fue elegido como Rector al Lic. Marco Armando Gálvez Díaz en febrero de 1997, estando en el cargo hasta Setiembre del 2001, dando paso a la Comisión de Orden y Gestión el 14/02/2002 nombrada por la ANR y presidida por el Lic. Arturo Ruíz Chapilliquén. Esta Comisión entrega el cargo a las nuevas autoridades, elegidos democráticamente mediante un proceso eleccionario el 29 de agosto del año 2003, en el que fue elegido como actual Rector el Ing.M.Sc. Alfredo Quinteros García, Vicerrector Académico el Ing.M.Sc. Abner Milán Barzola Cárdenas y Vicerrector Administrativo el Econ.M.Sc. Réniger Sousa Fernández, quienes están comprometidos con la región y el país de forjar líderes profesionales con una visión integradora.

En agosto del 2008 fue elegido como rector el Ing. M. Sc. Alfredo Quinteros García para continuar en el cargo hasta agosto del  2013. Asimismo fue elegido como Vicerrector Académico el Ing. M.Sc. Julio Armando Ríos Ramírez y Vicerrector Administrativo Ing. M. Sc. Jorge Sánchez Ríos, quienes asumen el compromiso de seguir forjando el desarrollo de la UNSM-T hasta agosto del 2013